coela memo

移転しました

coela — Wed, 08 Apr 2009 16:51:53 +0000

http://coela.org に移転しました

TogoWS REST

coela — Mon, 06 Apr 2009 11:34:55 +0000

中尾さんのブログ読んでたらtogowsってRESTサービスを知った。

これ結構便利じゃね？統合DBっぽいぞ！

このHPの例だと

http://togows.dbcls.jp/entry/pubmed/16381885

http://togows.dbcls.jp/entry/uniprot/A1AG1_HUMAN,A1AG1_MOUSE

等で各種のDBにアクセスできる。ローカルでDBもたなくてもさくっと解析が出来そう。

http://togows.dbcls.jp/site/en/rest.html

新生活の概要

coela — Mon, 06 Apr 2009 06:51:20 +0000

女の子が伝説のポケモン並みにレア。
バスは基本的に１時間に一本。終バスは８時ぐらいに終わる。
寮から最寄りの駅まで徒歩３０分ぐらい。
街灯はデフォルトでは存在しない。夜コンビニに行こうと思ったら暗過ぎて泣けてきた。
大学周辺に娯楽施設は皆無。DVDのレンタル屋さんが一件存在。
周りは見渡す限りの緑。というか、ここは山。
道路は結構狭い。
道は大抵坂道。傾斜が急。
寮は研究室まで（大学までじゃなくて）徒歩３分。
寮は５畳半だけど、備え付けのベッドと机が４疂ぐらい占めている。

僕は生き残る事ができるのか！！

でも授業とかは面白そう。歩くロボットは前の大学にはいなかった。

screen saver

coela — Sun, 05 Apr 2009 16:00:41 +0000

昨日友達とスクリーンセーバーの話になった。彼はwindows使用者だったから未来派図画工作のスクリーンセーバー入れられなくて悔しがってた。

http://tomahawkfield.sakura.ne.jp/archives/2008/10/top-10-mac-screen-savers.html

これのMovingPhotos3Dはcore animationを使って昔やろうとしていた事に近い気がする。

Mondrianum

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:55:25 +0000

後輩に教えてもらった、macにadobe@kulerで提供しているカラースキームをインストールできるソフト

http://lithoglyph.com/mondrianum/

CPANを自分のホームに設定する方法

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:36:00 +0000

シェルでcpanって打って出る初期設定のときに

Every Makefile.PL is run by perl in a separate process. Likewise we
run ‘make’ and ‘make install’ in processes. If you have any
parameters (e.g. PREFIX, LIB, UNINST or the like) you want to pass
to the calls, please specify them here.

If you don’t understand this question, just press ENTER.

Parameters for the ‘perl Makefile.PL’ command?
Typical frequently used settings:

PREFIX=~/perl non-root users (please see manual for more hints)

Your choice:

ここをPREFIX = ~/perlとかにしてやる

初期設定ミスった場合は
o conf makepl_arg PREFIX=~/perl
o conf init
でどうにかなるかも

参考
http://d.hatena.ne.jp/masahi6/20071220/1198133817

http://norainu.net/mt/archives/2004/09/cpan.html

map2slimの使い方

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:30:39 +0000

GO Slimの使い方(map2slim)

map2slim [goslim.obo] [go.obo] [FlyBase形式のファイル.fb] > [output.txt]

FlyBase形式のファイルはこんな感じで書く

[database名]\t[proteinIDなど]\t\t\t[GO]\t\t\t\t[GO type]\n

[GO type]の種類
P: biological process
F: molecular function
C: cellular process

もうちょっとマシな方法は無いのかなぁ

参考

http://web.sfc.keio.ac.jp/~qm/qm/index.php?map2slim%A4%CE%BB%C8%A4%A4%CA%FD

http://www.geneontology.org/GO.slims.shtml

http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/scripts/map2slim

macにgnuplotをインストールする方法

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:14:16 +0000

OSX Leopardにソースからgnuplotを入れる方法。

macのバイナリじゃなんか駄目だった事があった気がする。

たしかperlの一部のモジュールから叩けないのかな。

基本的に参考の下の方に従って、guplotとreadline入れる時だけ上のページを参考にした

参考

http://macwiki.sourceforge.jp/wiki/index.php/gnuplot

http://www.cbrc.jp/~tominaga/tips/osx_gnuplot.html

direct_delb.jsを俺の環境で動くようにする

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:11:26 +0000

direct_delb.jsが毎回パスワード聞いてきてうざかったから
var logins = passwordManager.findLogins({}, ‘https://api.del.icio.us’, ”, ‘del.icio.us API’);
にしたら直った。

vimperatorのステータスバーに要素を移動

coela — Sun, 05 Apr 2009 15:00:04 +0000

ステータスバーに要素を移動する際に今は.vimperatorrc個別に書いてるけど

migratestatusbar.js

http://d.hatena.ne.jp/janus_wel/20081127/1227807826

使った方がいいかも。

参考

http://d.hatena.ne.jp/teramako/20071205/p1

http://d.hatena.ne.jp/eclipse-a/20081027/1225115887

http://d.hatena.ne.jp/pekepekesamurai/20081029